2 ettari proprietà della Congregazione Francescana. (Padri Francescani). Situata nella Laguna nord, al lato sud di Burano, e ovest di Sant'Erasmo.
Questi vi eressero un convento, poi, a causa delle peggiorate condizioni del clima lagunare, dovettero abbandonarlo e l'isola tra il 1420 e il 1453 rimase deserta; fu allora che l'isola prese il nome di San Francesco del Deserto. Nel 1453 Pio II concesse l'isola ai Frati Minori Riformati che vi rimasero fino al 1806 quando, con la soppressione degli ordini religiosi da parte di Napoleone, l'isola divenne deposito militare. I frati dovettero quindi ritirarsi a Venezia nel Convento di San Bonaventura. Gli austriaci trasformarono l'isola in piazzaforte, rivoltando cannoni verso il canale di Burano e costruendo un deposito di esplosivi. Il 23 dicembre 1856 Francesco I d'Austria donò l'isola al patriarca di Venezia, il quale la concesse in perpetuo ai Frati Francescani Minori che vi rientrarono il 31 maggio 1858. In seguito i frati restaurarono i due chiostri (uno trecentesco ed uno rinascimentale) e riedificarono la chiesa. Vent'anni fa si poteva raggiungere l'isola con mezzi pubblici ma oggi, data la scarsa profondità dei fondali e le condizioni in cui versano le rive, non è più possibile. È dunque necessario usufruire di imbarcazioni private, del trasporto offerto dai frati oppure prendere un passaggio da un signore buranello che ogni pomeriggio porta i visitatori dalla fondamenta del lato nord di Burano, vicino alla chiesa di San Martino, all'isola del Deserto. Vent'anni fa si poteva raggiungere l'isola con mezzi pubblici ma oggi, data la scarsa profondità dei fondali e le condizioni in cui versano le rive, non è più possibile. È dunque necessario usufruire di imbarcazioni private, del trasporto offerto dai frati oppure prendere un passaggio da un signore buranello che ogni pomeriggio porta i visitatori dalla fondamenta del lato nord di Burano, vicino alla chiesa di San Martino, all'isola del Deserto.
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