Il decreto 28 luglio 1806 di Eugenio Beauharnais, viceré del regno d'Italia, stabilisce che la maggior parte dei monasteri sia soppressa. Tra essi S. Giovanni Laterano, monastero benedettino del sestiere di Castello (v. foto n. 1): l'ultimo documento del fondo, presente nell'Archivio di Stato di Venezia, è del 1807, ma secondo Cesare Zangirolami nella sua "Storia delle chiese dei monasteri delle scuole di Venezia rapinate e distrutte da Napoleone Bonaparte" (1962), risale al 1810 la soppressione del convento e della chiesa, quest'ultima in seguito demolita.

Tuttavia la sua lenta morte era iniziata nel 1797, quando il 30 novembre otto monache "coriste" e quattordici "converse" si trasferirono al convento di S. Anna, come ci racconta Piero Santostefano nella sua bellissima storia dalla sua fondazione fino alla fine della Repubblica. Non è immediato l'utilizzo dell'edificio per scopi scolastici, dapprima è sistemato l'archivio notarile, prima del suo spostamento alla sede definitiva dei Frari, poi anche i libri di Apostolo Zeno. In seguito molte scuole si alternano nell'edificio richiedendo continue trasformazioni e restauri.